Да, Spybot-S&D полностью поддерживает PE в общем и PEBuilder в частности. Необходимый для этого модуль (plugin) можно скачать здесь, или запустить его с Вашего жесткого диска после загрузки с PE-диска.

Будучи запущен с Вашего загрузочного PE CD, Spybot-S&D автоматически проверит все реестры и диски, какие сможет найти (если Вы хотите то же самое, но без PE, смотрите этот раздел ЧаВО).