Er zijn verscheidene manieren om achter spionnen te zoeken. Eén zou zijn door het volledige register en harde schijf te doorzoeken voor verdachte ingaven en bestanden. Dat kan een hele lange tijd in beslag nemen.

Spybot-S&D maakt gebruik van het feit dat alle spionnen zich op verschillende plaatsen dienen in te nesten in het systeem om actief te worden. Het begint te zoeken op deze plaatsen en door de informatie te volgen die op deze plaatsen verzameld werd, kan het de volledige spion aanpakken.