Spybot-S&D puede iniciarse en dos modos: Modo fácil para nuevos usuarios que necesitan sólo las características básicas, y Modo avanzado para usuarios profesionales y todos aquellos que deseen un mayor control. Ambos modos están disponibles en la versión gratuita.

Característica	Modo Predeterminado	Modo avanzado
Eliminación de adware y software espía (spyware) Eliminación de marcadores telefónicos (dialers) Eliminación de controlador de pulsación de teclas (keyloggers) Eliminación de troyanos y otros productos dañinos Eliminación de registros de uso (usage tracks)	Sí	Sí
Base de datos ampliable por el usuario	Sí	Sí
Guardar las amenazas eliminadas para una Eliminación Segura posterior	Sí	Sí
Copias de seguridad de cada uno de los problemas eliminados	Sí	Sí
Opción Excluir, para ignorar problemas específicos	Sí (1)	Sí
Bloqueo permanente para descargas de ActiveX dañinos Bloqueo permanente de cookies de seguimiento conocidas para IE Bloqueo permanente de descargas dañinas en IE	Sí	Sí
Parámetros en la línea de comandos para automatizar tareas	Sí	Sí
Númbero de objetivos	> 600	> 600
Númbero de archivos detectados y entradas en registro	> 10000	> 10000
Información detallada sobre los problemas encontrados	Sí	Sí
Criterio estricto para definir los objetivos	Sí	Sí
Función de actualización integrada Actualizaciones semanales Notificación de actualizaciones vía correo	Sí	Sí
Correo gratuito y soporte mediante foro	Sí	Sí
Configuración que automatiza el análisis, la eliminación y actualización	No	Sí
Informes del sistema para localizar incluso las amenazas desconocidas	No	Sí
Máscaras que se ajustan a la interface que deseen los usuarios	No	Sí
(1) Sólo se pueden deshabilitar en el modo avanzado (2) Proyectado en un futuro próximo